Программы

ADAPTSEQ_COMP
Выявление ветвей филогенетического дерева, на которых происходила адаптивная эволюция

Геномика

ADAPTSITE_COMP
Выявление участков последовательности белка, подверженных адаптивной эволюции

Геномика

ALN_COMP
Парное и множественное выравнивание

Геномика

ARGO_Motifs
Поиск консервативных мотивов, вырожденных олигонуклеотидных мотивов, анализ районов инициации трансляции

Геномика
Регуломика
Транскриптомика

ARGO_Viewer
Распознавание промоторов

Геномика
Регуломика

Bepitope
Предсказание В-клеточных эпитопов

Протеомика

Blast
Поиск гомологов в базах аннотированных последовательностей белков

Протеомика

Cleavage
Предсказание сайтов конституитивного и иммунопротеасомного протеолиза

Протеомика

CONS_COMP
Оценка консервативности позиций множественного выравнивания белковых последовательностей

Геномика

CONSENSUS
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов на основе поиска паттернов, сходных с паттернами в обучающих выборках

Геномика
Регуломика

ddG_MATRIX_INR
Оценка количественной величины транскрипционной активности ДНК в логарифмических единицах свободной энергии Гиббса

Регуломика

DNAProp
Выявление конформационных и физико-химических свойств регуляторных геномных последовательностей

Регуломика

Eagle
Выявление повторов в отдельной последовательности ДНК, поиск и анализ повторов в бактериальных геномах

Геномика
Регуломика

ExpertDiscovery
Обнаружение иерархических комплексных сигналов, построение модели регуляторных районов

Регуломика

GenEd
Редактор генных сетей

Генные сети (функция 7)

GenomeBrowser
Многофункциональный поиск по геномам, анализ контекстной и структурной организации бактериальных мРНК, реконструкция оперонной структуры

Геномика
Транскриптомика

HGN
Моделирование с помощью нелинейных дифференциальных уравнений

Моделирование клетки

JAL_Viewer
Графическая визуализация множественного выравнивания последовательностей

Геномика

MATRIX
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов на основе весовых матриц

Геномика
Регуломика

Metabol
Пакет программ для моделирования стационарного распределения метаболических потоков в бактериальной клетке

Моделирование клетки

MGSmodeller
Пакет программ для построения обобщенных химико-кинетических моделей

Моделирование клетки

ORF-bacteria
Поиск открытых рамок считывания для белок-кодирующих районов бактериальных генов

Геномика

PDB_SiteScan
Распознавание функциональных сайтов в пространственных структурах белков

Протеомика

PDBSite2GeneNet
Программа предсказания лигандов для функциональных сайтов белков

Генные сети (функция 7)

PDBSiteDocking
Реконструкция пространственных структур белковых комплексов

Протеомика

PrositeScan
Поиск мотивов и паттернов в первичных структурах белков

Протеомика

RECON
Программа поиска сайтов формирования нуклеосом

Регуломика

Seties
Пакет программ для построения моделей с помощью обобщенного порогового метода

Моделирование клетки

SITECON
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов на основе данных о консервативных конформационных и физико-химических характеристиках, построение методов распознавания на основе выборок сайтов

Геномика
Регуломика

SiteGA
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов на основе анализа взаимных зависимостей частот встречаемости локально-позиционированных динуклеотидов

Геномика
Регуломика

SPECPOS
Поиск позиций белка, мутации в которых определяют специфичность функции белка

Геномика

Step+
Пакет программ для численного анализа устойчивости точек покоя

Моделирование клетки

Subloc
Предсказание внутриклеточной локализации белков у прокариот

Протеомика

SubPrediction
Предсказание внутриклеточной локализации белков у эукариот

Протеомика

Transcriptom
Статистический анализ и предварительная математическая обработка биочиповых экспрессионных данных, поиск коэкспрессирующихся генов

Регуломика
Транскриптомика

TREE_COMP
Реконструкция филогенетических деревьев семейств кодирующих последовательностей

Геномика

Vitt
Комплексное распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов

Регуломика

WebProAnalyst
Предсказание мутаций, направленно меняющих биологические активности и свойства белков

Протеомика

Базы данных

ARTSITE
Матрицы сайтов связывания транскрипционных факторов

Регуломика

Biothech
База данных по биотехнологически значимым бактериальным молекулярно-генетическим системам и процессам

Моделирование клетки

BIOTECH_PRODUCT
Продукты

Моделирование клетки

BIOTECH_STRAIN
Штаммы

Моделирование клетки

ConSensor
База данных по молекулярно-генетическим гено-сенсорным конструкциям SRS

Моделирование клетки

Integrated
Интегрированная база данных

Регуломика

PDBsite
База данных трехмерных структур функциональных сайтов белков SRS

Протеомика

ProkaTEX
База данных структурно-функциональной организации регуляторных последовательностей, контролирующих транскрипцию генов прокариот

Регуломика

ProkaTEXBIB
Библиография

Регуломика

ProkaTEXEXP
Паттерны экспрессии

Регуломика

ProkaTEXFACTORS
Транскрипционные факторы

Регуломика

ProkaTEXGENES
Гены

Регуломика

ProkaTEXSITES
Сайты связывания транскрипционных факторов

Регуломика

GenSensor
База данных бактериальных индуцибельных промоторов - геносенсоров

Моделирование клетки

SENSORBIB
Библиография

Моделирование клетки

SENSORFACTOR
Транскрипционные факторы

Моделирование клетки

SENSORGENE
Гены

Моделирование клетки

SENSORINDUCTOR
Индукторы, репрессоры

Моделирование клетки

SENSORPROMOTER
Промоторы

Моделирование клетки

SENSORSITE
Сайты связывания транскрипционных факторов

Моделирование клетки

TRRD
База данных структурно-функциональной организации регуляторных последовательностей, контролирующих транскрипцию генов эукариот

Регуломика

TRRDBIB4
Библиография

Регуломика

TRRDEXP4
Паттерны экспрессии

Регуломика

TRRDFACTORS4
Транскрипционные факторы

Регуломика

TRRDGENES4
Гены

Регуломика

TRRDLCR
Локус-контролирующие районы

Регуломика

TRRDSITES4
Сайты связывания транскрипционных факторов

Регуломика

TRRDUNITS4
Протяженные регуляторные районы

Регуломика