Протеомика

• Поиск гомологов в базах аннотированных последовательностей белков
• Поиск мотивов и паттернов в первичных структурах белков

• Предсказание внутриклеточной локализации белков

  • У прокариот
  • У эукариот
• Распознавание функциональных сайтов в пространственных структурах

  • сайтов каталитических центров ферментов

  • сайтов пострансляционных модификаций

  • сайтов связывания ионов металлов

  • сайтов связывания органических и неорганических лигандов

  • сайтов связывания ДНК и РНК

• Реконструкция пространственных структур комплексов "белок-ион металла"; "белок-низкомолекулярные лиганды"; "белок-белок"; "белок-ДНК/РНК"

• Предсказание иммунологических характеристик белков

  • предсказание сайтов конституитивного и иммунопротеасомного протеолиза
  • предсказание В-клеточных эпитопов
• Предсказание мутаций, направленно меняющих биологические активности и свойства белков
• Поиск функции белка по базе данных Gene Ontology
• Предсказание третичной структуры белка
• Анализ структуры белков и нуклеиновых кислот, оптимизации структуры по конформационной энергии и анализа конформационной динамики структуры
• Выравнивание двух аминокислотных последовательностей
• Построение выравнивания аминокислотной последовательности белка и профильной матрицы
• Расчет профильной матрицы для семейства белков
• Поиск сайтов белок-нуклеинового регулирования

• База данных трехмерных структур функциональных сайтов белков