Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов на основе анализа взаимных зависимостей частот встречаемости локально-позиционированных динуклеотидов

SiteGA

"Пример" работы программы.
Для ввода данных используйте поле ввода, затем нажмите кнопку  "Выполнить".
Чтобы загрузить новые данные, нажмите кнопку "Очистить".

Ввод последовательности ДНК в FASTA формате 
С экрана

Загрузить последовательность из файла:

Для запуска программы установите ее параметры и задайте тип выходных данных (см. О программе) Цепь:прямая обратная обе

Обозначение фактораПорог; недопредсказание; перепредсказаниеНазвание фактораСсылки на SWISS-PROTОбучающая выборка сайтов из TRRDВсе сайты данного типа из TRRD
E2FE2F familyMENU40 E2F sitesE2F
HNF4Hepatic Nuclear Factor 4MENU29 HNF4 sitesHNF4
IRF1Interferon Regulatory Factor 1MENU28 IRF1 sitesIRF1
ISGF3Interferon Stimulated Gene Factor 3MENU25 ISGF3 sites +2 не из TRRDISGF3
NFkBNuclear Factor-kappa-BMENU43 NFkB sitesNFkB
PPARPeroxisome Proliferator-Activated ReceptorMENU37 PPAR sitesPPAR
SF1Steroidogenic Factor 1MENU53 SF1 sitesSF-1
SREBPSterol Regulatory Element Binding ProteinMENU37 SREBP sitesSREBP
STAT1Signal Transducer and Activator of Transcription 1MENU27 STAT1 sites +5 не из TRRDSTAT1
Все транскрипционные факторы

 

 
 

 

Институт Цитологии и Генетики
Сибирское Отделение Российской Академии Наук

Адрес:630090, Новосибирск, Россия,
пр.ак.Лаврентьева,10, ИЦиГ СО РАН
Для телеграмм: Новосибирск 90, ЦИТОЛОГИЯ
Телефон: +7(383) 333·35·26
Факс: +7(383) 333·12·78
E·mail:   icg-adm@bionet.nsc.ru