Вернуться к программе

ADAPTSITE_COMP

Решаемая задача:

Поиск участков адаптивной эволюции в последовательностях, кодирующих белки.

Алгоритм:

Оценка отношения  K_a/K_s скоростей замен для кодонов в последовательности.

Входные данные:

Выравненные нуклеотидные последовательности, которые кодируют белки, без делеций, в формате FASTA, филогенетическое дерево для этого набора последовательностей.

Выходные данные:

Оценка скоростей замен в позициях белка, оценка числа позиций, в которых замены проходили адаптивным образом .