РЕГУЛОМИКА

Распознавание и анализ регуляторных геномных последовательностей

• Выявление свойств регуляторных геномных последовательностей

  • Конформационных и физико-химических
  • Выявление повторов в отдельной последовательности ДНК
  • Выявление консервативных мотивов в выборках последовательностей ДНК
• Анализ и распознавание сайтов формирования нуклеосом
• Оценка количественной величины транскрипционной активности ДНК в логарифмических единицах свободной энергии Гиббса
• Распознавание промоторов

• Анализ структурно-функциональной организации промоторов коэкспрессирующихся генов

  • Поиск коэкспрессирующихся генов
  • Обнаружение иерархических комплексных сигналов, построение модели регуляторных районов
  • Выявление консервативных мотивов
• Построение методов распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов на основе использования контекстных и структурных характеристик ДНК-сайтов

• Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов

  • на основе данных о консервативных конформационных и физико-химических характеристиках
  • на основе анализа взаимных зависимостей частот встречаемости локально-позиционированных динуклеотидов
  • на основе поиска паттернов, сходных с паттернами в обучающих выборках
  • на основе весовых матриц
  • Комплексная процедура распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов в эукариотических геномных ДНК

Информационная поддержка

• База данных структурно-функциональной организации регуляторных последовательностей, контролирующих транскрипцию генов эукариот

  • TRRDBIB4   Библиография

  • TRRDEXP4   Паттерны экспрессии

  • TRRDFACTORS4   Транскрипционные факторы

  • TRRDGENES4   Гены

  • TRRDLCR   Локус-контролирующие районы

  • TRRDSITES4   Сайты связывания транскрипционных факторов

  • TRRDUNITS4   Протяженные регуляторные районы

• База данных структурно-функциональной организации регуляторных последовательностей, контролирующих транскрипцию генов прокариот

  • ProkaTEXBIB    Библиография

  • ProkaTEXEXP   Паттерны экспрессии

  • ProkaTEXFACTORS   Транскрипционные факторы

  • ProkaTEXGENES   Гены

  • ProkaTEXSITES   Сайты связывания транскрипционных факторов

• Матрицы сайтов связывания транскрипционных факторов

• Формирование выборок регуляторных геномных последовательностей

  • Эукариот

    • TRRDSITES4   Сайты связывания транскрипционных факторов

    • TRRDUNITS4   Протяженные регуляторные районы

  • Прокариот

    • ProkaTEXSITES   Сайты связывания транскрипционных факторов

  • По интегрированной базе данных
• Выравнивание регуляторных геномных последовательностей