ГЕНОМИКА

Первичная структурно-функциональная аннотация расшифрованных бактериальных геномов

• Многофункциональный поиск по геномам
• Поиск открытых рамок считывания для белок-кодирующих районов
• Реконструкция оперонной структуры
• Поиск и анализ повторов
• Поиск промоторов
• Выявление консервативных мотивов в геномных последовательностях
• Распознавание консервативных участков в нуклеотидных или аминокислотных не выровненных последовательностях

• Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов

  • на основе данных о консервативных конформационных и физико-химических характеристиках
  • на основе анализа взаимных зависимостей частот встречаемости локально-позиционированных динуклеотидов
  • на основе поиска паттернов, сходных с паттернами в обучающих выборках
  • на основе весовых матриц

   

Филогенетический и сравнительный анализ геномных последовательностей

• Парное и множественное выравнивание
• Реконструкция филогенетических деревьев семейств кодирующих последовательностей

• Поиск адаптивно эволюционирующих генов и проекция адаптивно эволюционирующих позиций генов на структурно-функционильную организацию белков

  • Графическая визуализация множественного выравнивания последовательностей
  • Выявление участков последовательности белка, подверженных адаптивной эволюции
  • Выявление ветвей филогенетического дерева, на которых происходила адаптивная эволюция

• Поиск участков белков с пониженной (повышенной) скоростью фиксации аминокислотных замен и оценка их функциональной и структурной значимости

  • Поиск позиций белка, мутации в которых определяют специфичность функции белка
  • Оценка консервативности позиций множественного выравнивания белковых последовательностей
  • Реконструкция филогенетического дерева последовательностей
• Распознавание консервативных участков в нуклеотидных или аминокислотных не выровненных последовательностях
• Анализ эволюции набора белковых семейств и построения на их основе потенциального дерева эволюции видов
• Реконструкция эволюционных событий (дупликаций и потерь генов) в белковых семействах
• Вычисление характеристик эволюционных событий и качества белковых семейств
• Поиск белка с филогенетическим профилем, наиболее соответствующим профилю пары заданных списков геномов
• Сценарий анализа эволюции последовательностей кодирующих белки
• Сценарий реконструкции филогенетического дерева