Программы |
ADAPTSEQ_COMP Выявление ветвей филогенетического дерева, на которых происходила адаптивная эволюция | Геномика |
ADAPTSITE_COMP Выявление участков последовательности белка, подверженных адаптивной эволюции | Геномика |
ALN_COMP Парное и множественное выравнивание | Геномика |
ARGO_Motifs Поиск консервативных мотивов, вырожденных олигонуклеотидных мотивов, анализ районов инициации трансляции | Геномика Регуломика Транскриптомика |
ARGO_Viewer Распознавание промоторов | Геномика Регуломика |
Bepitope Предсказание В-клеточных эпитопов | Протеомика |
Blast Поиск гомологов в базах аннотированных последовательностей белков | Протеомика |
Cleavage Предсказание сайтов конститутивного и иммунопротеасомного протеолиза | Протеомика |
CONS_COMP Оценка консервативности позиций множественного выравнивания белковых последовательностей | Геномика |
CONSENSUS Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов на основе поиска паттернов, сходных с паттернами в обучающих выборках | Геномика Регуломика |
ddG_MATRIX_INR Оценка количественной величины транскрипционной активности ДНК в логарифмических единицах свободной энергии Гиббса | Регуломика |
DNAProp Выявление конформационных и физико-химических свойств регуляторных геномных последовательностей | Регуломика |
Eagle Выявление повторов в отдельной последовательности ДНК, поиск и анализ повторов в бактериальных геномах | Геномика Регуломика |
ExpertDiscovery Обнаружение иерархических комплексных сигналов, построение модели регуляторных районов | Регуломика |
GenEd Редактор генных сетей | |
GenomeBrowser Многофункциональный поиск по геномам, анализ контекстной и структурной организации бактериальных мРНК, реконструкция оперонной структуры | Геномика Транскриптомика |
JAL_Viewer Графическая визуализация множественного выравнивания последовательностей | Геномика |
MATRIX Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов на основе весовых матриц | Геномика Регуломика |
Meristem Пакет программ для моделирования процессов функционирования меристемы растений | Морфогенез |
ORF-bacteria Поиск открытых рамок считывания для белок-кодирующих районов бактериальных генов | Геномика |
PDB_SiteScan Распознавание функциональных сайтов в пространственных структурах белков | Протеомика |
PDBSiteDocking Реконструкция пространственных структур белковых комплексов | Протеомика |
PrositeScan Поиск мотивов и паттернов в первичных структурах белков | Протеомика |
RECON Программа поиска сайтов формирования нуклеосом | Регуломика |
SITECON Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов на основе данных о консервативных конформационных и физико-химических характеристиках, построение методов распознавания на основе выборок сайтов | Геномика Регуломика |
SiteGA Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов на основе анализа взаимных зависимостей частот встречаемости локально-позиционированных динуклеотидов | Геномика Регуломика |
SPECPOS Поиск позиций белка, мутации в которых определяют специфичность функции белка | Геномика |
Subloc Предсказание внутриклеточной локализации белков у прокариот | Протеомика |
SubPrediction Предсказание внутриклеточной локализации белков у эукариот | Протеомика |
Transcriptom Статистический анализ и предварительная математическая обработка биочиповых экспрессионных данных, поиск коэкспрессирующихся генов | Регуломика Транскриптомика |
Transgene Поддержка планирования гено-инженерных экспериментов с целью создания организмов с качественно новыми или улучшенными свойствами | Трансгенез |
TREE_COMP Реконструкция филогенетических деревьев семейств кодирующих последовательностей | Геномика |
Vitt Комплексное распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов | Регуломика |
WebProAnalyst Предсказание мутаций, направленно меняющих биологические активности и свойства белков | Протеомика |
Базы данных
|
ARTSITE Матрицы сайтов связывания транскрипционных факторов | Регуломика |
Integrated Интегрированная база данных | Регуломика Трансгенез |
PDBsite База данных трехмерных структур функциональных сайтов белков SRS | Протеомика |
ProkaTEX База данных структурно-функциональной организации регуляторных последовательностей, контролирующих транскрипцию генов прокариот | Регуломика |
ProkaTEXBIB Библиография | Регуломика |
ProkaTEXEXP Паттерны экспрессии | Регуломика |
ProkaTEXFACTORS Транскрипционные факторы | Регуломика |
ProkaTEXGENES Гены | Регуломика |
ProkaTEXSITES Сайты связывания транскрипционных факторов | Регуломика |
TGP База данных, содержащая информацию о паттернах транскрипционной активности промоторов биотехнологически-значимых донорных генов растений (объектов Трансгенеза) и их делеционных мутантов | Трансгенез |
TGP_GENE Гены | Трансгенез |
TGP_PROMOTER Промоторы | Трансгенез |
TGP_SEQUENCE Последовательности | Трансгенез |
TRRD База данных структурно-функциональной организации регуляторных последовательностей, контролирующих транскрипцию генов эукариот | Регуломика |
TRRDBIB4 Библиография | Регуломика |
TRRDEXP4 Паттерны экспрессии | Регуломика |
TRRDFACTORS4 Транскрипционные факторы | Регуломика |
TRRDGENES4 Гены | Регуломика |
TRRDLCR Локус-контролирующие районы | Регуломика |
TRRDSITES4 Сайты связывания транскрипционных факторов | Регуломика |
TRRDUNITS4 Протяженные регуляторные районы | Регуломика |
TRSIG База данных, содержащая информацию о посттранскрипционных сигналах экспрессии, расположенных в составе мРНК | Трансгенез |
TRSIG_EXP Экспериментальные данные | Трансгенез |
TRSIG_LONG Длинные последовательности | Трансгенез |
TRSIG_OBJ Пост-транскрипционные сигналы | Трансгенез |
TRSIG_SEQ Последовательности регуляторных сигналов | Трансгенез |
TRSIG_PRODUCT Контролируемые продукты экспрессии | Трансгенез |