Моделирование сложных пространственно - распределенных молекулярно - генетических систем

КАРТА СИСТЕМЫ

Программы

ADAPTSEQ_COMP
Выявление ветвей филогенетического дерева, на которых происходила адаптивная эволюция

Геномика

ADAPTSITE_COMP
Выявление участков последовательности белка, подверженных адаптивной эволюции

Геномика

ALN_COMP
Парное и множественное выравнивание

Геномика

ARGO_Motifs
Поиск консервативных мотивов, вырожденных олигонуклеотидных мотивов, анализ районов инициации трансляции

Геномика
Регуломика
Транскриптомика

ARGO_Viewer
Распознавание промоторов

Геномика
Регуломика

Bepitope
Предсказание В-клеточных эпитопов

Протеомика

Blast
Поиск гомологов в базах аннотированных последовательностей белков

Протеомика

Cleavage
Предсказание сайтов конститутивного и иммунопротеасомного протеолиза

Протеомика

CONS_COMP
Оценка консервативности позиций множественного выравнивания белковых последовательностей

Геномика

CONSENSUS
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов на основе поиска паттернов, сходных с паттернами в обучающих выборках

Геномика
Регуломика

ddG_MATRIX_INR
Оценка количественной величины транскрипционной активности ДНК в логарифмических единицах свободной энергии Гиббса

Регуломика

DNAProp
Выявление конформационных и физико-химических свойств регуляторных геномных последовательностей

Регуломика

Eagle
Выявление повторов в отдельной последовательности ДНК, поиск и анализ повторов в бактериальных геномах

Геномика
Регуломика

ExpertDiscovery
Обнаружение иерархических комплексных сигналов, построение модели регуляторных районов

Регуломика

GenEd
Редактор генных сетей

GenomeBrowser
Многофункциональный поиск по геномам, анализ контекстной и структурной организации бактериальных мРНК, реконструкция оперонной структуры

Геномика
Транскриптомика

JAL_Viewer
Графическая визуализация множественного выравнивания последовательностей

Геномика

MATRIX
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов на основе весовых матриц

Геномика
Регуломика

Meristem
Пакет программ для моделирования процессов функционирования меристемы растений

Морфогенез

ORF-bacteria
Поиск открытых рамок считывания для белок-кодирующих районов бактериальных генов

Геномика

PDB_SiteScan
Распознавание функциональных сайтов в пространственных структурах белков

Протеомика

PDBSiteDocking
Реконструкция пространственных структур белковых комплексов

Протеомика

PrositeScan
Поиск мотивов и паттернов в первичных структурах белков

Протеомика

RECON
Программа поиска сайтов формирования нуклеосом

Регуломика

SITECON
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов на основе данных о консервативных конформационных и физико-химических характеристиках, построение методов распознавания на основе выборок сайтов

Геномика
Регуломика

SiteGA
Распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов на основе анализа взаимных зависимостей частот встречаемости локально-позиционированных динуклеотидов

Геномика
Регуломика

SPECPOS
Поиск позиций белка, мутации в которых определяют специфичность функции белка

Геномика

Subloc
Предсказание внутриклеточной локализации белков у прокариот

Протеомика

SubPrediction
Предсказание внутриклеточной локализации белков у эукариот

Протеомика

Transcriptom
Статистический анализ и предварительная математическая обработка биочиповых экспрессионных данных, поиск коэкспрессирующихся генов

Регуломика
Транскриптомика

Transgene
Поддержка планирования гено-инженерных экспериментов с целью создания организмов с качественно новыми или улучшенными свойствами

Трансгенез

TREE_COMP
Реконструкция филогенетических деревьев семейств кодирующих последовательностей

Геномика

Vitt
Комплексное распознавание сайтов связывания транскрипционных факторов

Регуломика

WebProAnalyst
Предсказание мутаций, направленно меняющих биологические активности и свойства белков

Протеомика

Базы данных


ARTSITE
Матрицы сайтов связывания транскрипционных факторов

Регуломика

Integrated
Интегрированная база данных

Регуломика
Трансгенез

PDBsite
База данных трехмерных структур функциональных сайтов белков SRS

Протеомика

ProkaTEX
База данных структурно-функциональной организации регуляторных последовательностей, контролирующих транскрипцию генов прокариот

Регуломика

ProkaTEXBIB
Библиография

Регуломика

ProkaTEXEXP
Паттерны экспрессии

Регуломика

ProkaTEXFACTORS
Транскрипционные факторы

Регуломика

ProkaTEXGENES
Гены

Регуломика

ProkaTEXSITES
Сайты связывания транскрипционных факторов

Регуломика

TGP
База данных, содержащая информацию о паттернах транскрипционной активности промоторов биотехнологически-значимых донорных генов растений (объектов Трансгенеза) и их делеционных мутантов

Трансгенез

TGP_GENE
Гены

Трансгенез

TGP_PROMOTER
Промоторы

Трансгенез

TGP_SEQUENCE
Последовательности

Трансгенез

TRRD
База данных структурно-функциональной организации регуляторных последовательностей, контролирующих транскрипцию генов эукариот

Регуломика

TRRDBIB4
Библиография

Регуломика

TRRDEXP4
Паттерны экспрессии

Регуломика

TRRDFACTORS4
Транскрипционные факторы

Регуломика

TRRDGENES4
Гены

Регуломика

TRRDLCR
Локус-контролирующие районы

Регуломика

TRRDSITES4
Сайты связывания транскрипционных факторов

Регуломика

TRRDUNITS4
Протяженные регуляторные районы

Регуломика

TRSIG
База данных, содержащая информацию о посттранскрипционных сигналах экспрессии, расположенных в составе мРНК

Трансгенез

TRSIG_EXP
Экспериментальные данные

Трансгенез

TRSIG_LONG
Длинные последовательности

Трансгенез

TRSIG_OBJ
Пост-транскрипционные сигналы

Трансгенез

TRSIG_SEQ
Последовательности регуляторных сигналов

Трансгенез

TRSIG_PRODUCT
Контролируемые продукты экспрессии

Трансгенез