SiteGA

Программа SiteGA предназначена для распознавания сайтов связывания транскрипционных факторов (ССТФ) в ДНК.

Входные данные программы и установка порогов программы
Последовательности ДНК длины более 38 нт и менее 100.000 нт, число последовательностей - не более 1000. Пороги программ необходимо устанавливать с помощью меню для каждого транскрипционного фактора. Для каждого порога указаны ошибки недопредсказания и перепредсказания.

4. Выходные данные программы
Выходные данные программы организованы в виде текстового файла. Вначале указываются: (1) название анализируемой последовательности; (2) длина анализируемой последовательности; (3) типы сайтов, для которых не найдено сайтов.
Далее для каждого фактора указывается общее число предсказанных сайтов. Затем приводится таблица, в которой для каждого предсказанного сайта отмечается позиция в последовательности, соответствующая центру сайта, значение функции распознавания, цепь ДНК и последовательность, соответствующая предсказанному сайту, при этом консенсус сайта выделен большими буквами.

5. Способ запуска программы
Для запуска программы необходимо:
Ввести выборку последовательностей в FASTA формате или указать файл с последовательностями ДНК. Последовательности ДНК должны быть в алфавите "ATGCatgc", допускаются также символы "Nn", но вблизи их сосредоточения сайты не могут быть предсказаны, т.к. данные символы игнорируются программой.
Указать цепь ДНК (опция 'Прямая', 'Обратная' или 'Обе').
Указать типы сайтов (первая колонка в нижней части интерфейса представляет типы предложенных сайтов), или выбрать все типы (метка 'ВСЕ').
Указать пороги для каждого фактора (выбрать из списка).
Нажать кнопку 'ВЫПОЛНИТЬ'.

last modified 09.09.06.