BioPASED
В работе используется математическая модель молекулы в рамках классического метода молекулярной механики. Атомы рассматриваются как точечные классические частицы, взаимодействующие между собой и окружающей средой комплексом ковалентных и нековалентных межатомных внутримолекулярных сил по определенным физическим моделям. Физическая модель сил определяется моделью силового поля для межатомных взаимодействий.
Функции:
Ввод исходных данных о пространственной структуре молекулы биополимера, анализ соответствия списка атомов с пространственными координатами списку атомов из библиотеки топологий аминокислот и нуклеиновых кислот, восстановление отсутствующих координат атомов боковых цепей аминокислотных остатков
Добавление атомов водорода к структуре из тяжелых атомов
Расчет конформационной энергии заданной структуры
Учет позиционных и дистационных ограничений при оптимизации структуры биополимера
Учет энергии сольватации по модели гауссовской оболочки
Расчет сильно связанных молекул воды - водных мостиков
Расчет и анализ позиций ионов в гидратной оболочке
Расчет поверхности доступной водному раствору вокруг биополимера
Расчет траектории движения атомов биополимера под действием тепловых флуктуаций и микроскопических сил внутримолекулярных сил и сил сольватации
Программа BioPASED устанавливается локально
Требования к системе для установки пакета MGSmodeller:
Операционная система - Linux/Unix
Свободное пространство на жестком диске: не менее 50 Мб
Оперативная память: не менее 256 Мб
Скачать архивированную (Zip) версию дистрибутива