DNA Property Plot

Перейти к программе

Программа DNAProp предназначена для построения профилей конформационных и физико-химических свойств ДНК. Пользователь может выбрать только одно из 38 контекст-зависимых конформационных или физико-химических свойств ДНК и обозначить размер усредняющего окна. Каждое из свойств ДНК определено экспериментально или рассчитано теоретически. Изменение размера окна позволяет сглаживать профиль свойства.

Алгоритм работы:

1. Вычисляются динуклеотидные частоты в каждой позиции.
2. Для заданного размера окна вычисляются усредненные динуклеотидные частоты.
3. С помощью динуклеотидных параметров выбранного свойства рассчитывается профиль.

Формат данных:

Одна последовательность ДНК в четырехбуквенном коде (ATGC или atgc). Допускаются пробелы, табуляторы и переводы строк.