BioPASED

В работе используется математическая модель молекулы в рамках классического метода молекулярной механики. Атомы рассматриваются как точечные классические частицы, взаимодействующие между собой и окружающей средой комплексом ковалентных и нековалентных межатомных внутримолекулярных сил по определенным физическим моделям. Физическая модель сил определяется моделью силового поля для межатомных взаимодействий.

Функции:

• Ввод исходных данных о пространственной структуре молекулы биополимера, анализ соответствия списка атомов с пространственными координатами списку атомов из библиотеки топологий аминокислот и нуклеиновых кислот, восстановление отсутствующих координат атомов боковых цепей аминокислотных остатков

• Добавление атомов водорода к структуре из тяжелых атомов

• Расчет конформационной энергии заданной структуры

• Учет позиционных и дистационных ограничений при оптимизации структуры биополимера

• Учет энергии сольватации по модели гауссовской оболочки

• Расчет сильно связанных молекул воды - водных мостиков

• Расчет и анализ позиций ионов в гидратной оболочке

• Расчет поверхности доступной водному раствору вокруг биополимера

• Расчет траектории движения атомов биополимера под действием тепловых флуктуаций и микроскопических сил внутримолекулярных сил и сил сольватации

Программа BioPASED устанавливается локально

Требования к системе для установки пакета MGSmodeller:

• Операционная система - Linux/Unix

• Свободное пространство на жестком диске: не менее 50 Мб

• Оперативная память: не менее 256 Мб

Скачать архивированную (Zip) версию дистрибутива