Предсказание эффекта точечных мутаций концевой части мРНК на экспрессию.

TG_Initiator

Пример

Ввод последовательности 5’-НТП мРНК первого SNP-варианта (до стартового AUG кодона). Длина последовательности - не менее 10 нуклеотидов и не более 1000 нуклеотидов.

Ввод последовательности белок-кодирующей части мРНК (CDS) первого SNP-варианта. Для адекватной работы программы необходимо ввести последовательность 5’-концевого участка размером не менее 15 нуклеотидов, начинающегося со стартового AUG кодона. Длина последовательности не более 9000 нуклеотидов.

Ввод последовательности 5’-НТП мРНК второго SNP-варианта (до стартового AUG кодона). Длина последовательности - не менее 10 нуклеотидов и не более 1000 нуклеотидов.

Ввод последовательности белок-кодирующей части мРНК (CDS) второго SNP-варианта. Для адекватной работы программы необходимо ввести последовательность 5’-концевого участка размером не менее 15 нуклеотидов, начинающегося со стартового AUG кодона. Длина последовательности не более 9000 нуклеотидов.

Программа основана на сравнительном анализе SNP-вариантов мРНК человека. Оценивается изменение трансляционно-значимых характеристик мРНК (появление или элиминация AUG кодонов, изменение контекста аннотированного стартового кодона трансляции или лидерных кодонов AUG, изменение параметров лидерных рамок считывания). Интерпретация результатов анализа производится на основе имеющихся экспериментальных данных о влиянии контекстных сигналов в составе лидерного района мРНК на трансляцию.

 

 
 

 

Институт Цитологии и Генетики
Сибирское Отделение Российской Академии Наук

Адрес:630090, Новосибирск, Россия,
пр.ак.Лаврентьева,10, ИЦиГ СО РАН
Для телеграмм: Новосибирск 90, ЦИТОЛОГИЯ
Телефон: +7(383) 333·35·26
Факс: +7(383) 333·12·78
E·mail:   icg-adm@bionet.nsc.ru