Ранее было экспериментально показано, что стабильные шпильки в 5' -концевой участке мРНК (размером около 15 нуклеотидов) значительно снижают уровень трансляционной активности (Kozak, 1989). Основываясь на этих данных, программа Leader_hairpin предсказывает структурированные участки, 5'-границы которых локализованы в границах 5'-концевого участка (с 1 по 15 нуклеотид; правая граница может меняться пользователем). Программа также может предсказывать изменения в эффективности трансляции эукариотических мРНК, произошедшие в результате точечных мутаций (SNP): если SNP изменяет стабильность вторичной структуры (в особенности в 5' -концевой части матрицы), это может сопровождаться заметными изменениями в трансляционной активности.