Оценка стабильности вторичной структуры в 5'-НТП в норме и SNP-вариантах, прогнозирующая изменения трансляционной активности.

Leader_hairpin

Пример

Заголовок :

Введите нуклеотидную последовательность 5' -нетранслируемого района до стартового AUG кодона (только полноразмерные экспериментально-верифицированные лидерные последовательности; не вводите стартовый AUG кодон). Нуклеотидная последовательность должна быть в чистом виде или в фаста-формате; пробелы или неканонические символы использовать нельзя (только a,t,g,c в любом регистре).


Введите 5'-концевой участок нуклеотидной последовательности белок-кодирующей части (около 100 нуклеотидов, начиная со стартового AUG кодона).

Введите нуклеотидую последовательность 5'-нетранслируемого района (SNP-вариант; только полноразмерные экспериментально-верифицированные лидерные последовательности; не вводите стартовый AUG кодон). Нуклеотидная последовательность должна быть в чистом виде или в фаста-формате; пробелы или неканонические символы использовать нельзя (только a,t,g,c в любом регистре).

Введите 5'-концевой участок нуклеотидной последовательности белок-кодирующей части (SNP-вариант; около 100 нуклеотидов, начиная со стартового AUG кодона).

Размер 5'-концевого участка


    

Ранее было экспериментально показано, что стабильные шпильки в 5' -концевой участке мРНК (размером около 15 нуклеотидов) значительно снижают уровень трансляционной активности (Kozak, 1989). Основываясь на этих данных, программа Leader_hairpin предсказывает структурированные участки, 5'-границы которых локализованы в границах 5'-концевого участка (с 1 по 15 нуклеотид; правая граница может меняться пользователем). Программа также может предсказывать изменения в эффективности трансляции эукариотических мРНК, произошедшие в результате точечных мутаций (SNP): если SNP изменяет стабильность вторичной структуры (в особенности в 5' -концевой части матрицы), это может сопровождаться заметными изменениями в трансляционной активности.

 

 
 

 

Институт Цитологии и Генетики
Сибирское Отделение Российской Академии Наук

Адрес:630090, Новосибирск, Россия,
пр.ак.Лаврентьева,10, ИЦиГ СО РАН
Для телеграмм: Новосибирск 90, ЦИТОЛОГИЯ
Телефон: +7(383) 333·35·26
Факс: +7(383) 333·12·78
E·mail:   icg-adm@bionet.nsc.ru