Выявление конформационных и физико-химических свойств регуляторных геномных последовательностей

DNA Property Plot

Перейти к программе

Программа DNAProp предназначена для построения профилей конформационных и физико-химических свойств ДНК. Пользователь может выбрать только одно из 38 контекст-зависимых конформационных или физико-химических свойств ДНК и обозначить размер усредняющего окна. Каждое из свойств ДНК определено экспериментально или рассчитано теоретически. Изменение размера окна позволяет сглаживать профиль свойства.

Алгоритм работы:

1. Вычисляются динуклеотидные частоты в каждой позиции.
2. Для заданного размера окна вычисляются усредненные динуклеотидные частоты.
3. С помощью динуклеотидных параметров выбранного свойства рассчитывается профиль.

Формат данных:

Одна последовательность ДНК в четырехбуквенном коде (ATGC или atgc). Допускаются пробелы, табуляторы и переводы строк.

 

 

 
 

 

Институт Цитологии и Генетики
Сибирское Отделение Российской Академии Наук

Адрес:630090, Новосибирск, Россия,
пр.ак.Лаврентьева,10, ИЦиГ СО РАН
Для телеграмм: Новосибирск 90, ЦИТОЛОГИЯ
Телефон: +7(383) 333·35·26
Факс: +7(383) 333·12·78
E·mail:   icg-adm@bionet.nsc.ru